[2026년 세법 개정] 부분조사 실시 허용 범위 확대

핵심 요약

부분 세무조사 실시 허용 범위가 확대되었습니다. 이번 사유는 정상가격 산출방법 사전승인(APA 제도) 관련된 사유로서 APA를 신청하는 일부 대기업 및 외투기업에 한정된 사유입니다. 일반 사업자나 국제거래가 없는 기업들은 크게 신경쓸 필요 없습니다.

 

 

 

이전에 세무조사에 대해 포스팅한 적이 있습니다. 국세기본법 및 시행령, 시행규칙 등에 세무조사의 절차 및 원칙이 자세히 규정되어 있습니다. 우리 법원은 세무조사가 강력한 권력행위임을 전제로 납세자 권익 보호를 위한 절차가 제대로 지켜지지 않는 경우 세무조사로 인한 과세처분을 무효로 보고 있습니다. 그러므로 국세기본법상 세무조사 관련 규정 개정은 늘 관심깊게 볼 필요가 있습니다. 

 

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세무조사 시 통합조사 원칙, 부분조사 예외

 

이번 2026년 세법 개정으로 국세기본법에서 부준조사 실시 허용 범위가 확대되었습니다. 세무조사는 통합조사가 원칙(국세기본법 제81조이11 제1항)이고 예외적으로 국기법 및 시행령에서 정하는 사유가 있을 때만 부분조사가 가능합니다. 즉, 세무조사 할 때는 원칙적으로 모든 세목을 통합하여 조사하여야 한다는 취지입니다. 세무조사는 납세자에게 막대한 부담을 지우기 때문에 한번 할 때 모든 세목 혹은 혐의를 다 조사하고 끝내라는 것입니다.

 

이런 취지에서 국기법은 실무상 부득이한 사유를 법으로 정하여 부분조사를 예외적으로 하도록 정했습니다(국기법 제81조의11 제3항 및 시행령 제63조의12). 이 예외 사유들을 보면 실무상 필요한 경우(경정청구, 환급 관련 결정을 하는 경우, 재조사결정에 따른 사실관계 확인), 다른 세무조사에서 파생된 경우, 탈세 혐의 등 세법 위반에 대한 확인이 팔요한 경우(탈세 제보, 차명계좌 거래, 이익분여 혐의, 무자료거래 혐의 등)로 나눌 수 있습니다. 

 

부분조사 사유 추가 내용

그런데 이번 개정으로 예외 사유가 하나 추가되었습니다. 바로 "「국제조세조정에 관한 법률」 제14조에 따른 정상가격 산출방법에 대한 사전승인 신청을 취소ㆍ철회하거나 같은 법 시행령 제28조제8항 각 호의 사유로 상호합의절차가 중단되어 과세관청이 해당 신청의 내용을 확인할 필요가 있는 경우"입니다(국조법 시행령 제63조의12 제5호). 정상가격 산출방법에 대한 사전승인은 일명 APA 제도로 국제거래 규모가 큰 대기업이나 외국계기업이 활용하는 국제조세 제도입니다. 

 

어떤 의미가 있나요?

APA제도는 일부 납세자만이 활용하는 제도인 만큼 납세자 대다수에게는 큰 의미가 없는 내용입니다. APA제도를 사업이나 실무에서 활용할 일이 전혀 없기 때문입니다. 그래서 이번 개정은 크게 신경쓰지 않아도 좋습니다.

다만 대형 로펌 조세팀이나 대형 회계법인과 같이 대기업 및 외국계기업을 대리하는 대리인들에게는 나름 신경써야 할 내용입니다. APA는 주로 세무조사 방어용으로 많이 하는데 APA 신청 접수도 안되거나 신청 접수일로부터 3년 넘게 타결이 안되는 경우가 종종 있기 때문입니다.