1차 부분조사 후 후속조사가 중복조사 금지원칙를 위반하는 경우- 대법원 2014두12062 판결 중심으로

지난 글에서 국세기본법상 납세자 권리보호를 위한 세무조사 제한사항에 대해 알아보았습니다. 오늘은 가장 중요한 제한사항인 재조사 금지에 대한 주요 판례인 대법원 2014두12062 판결를 살펴 보겠습니다.

 

1. 사실관계

(1) 국세청은 11년 7월 납세자에 대한 다음 세무조사 실시

• 조사대상기간: 06-10년
• 조사 세목: 법인세제 부분조사 실시
• 부분조사 범위: ‘본사 지방이전에 따른 임시특별세액 감면과 관련된 사항’

(2) 국세청은 12년 3월 동일 납세자에 대한 다음 세무조사결정처분을 함

• 조사대상기간: 09-10년
• 조사 세목: 법인세제 통합조사

 

2. 관련 규정

국세기본법 제81조의4 제2항은 중복조사 금지원칙을 정합니다. 중복조사의 기준은 세목과 과세기간에 따라 정합니다. 제2항 각호에서 규정한 예외사유 아니면 중복조사가 불가능하다는 뜻입니다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.
1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우
2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우
3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우
4. 제65조제1항제3호 단서(제66조제6항과 제80조의2에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15제5항제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)
5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우
6. 제81조의11제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우
7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

3. 이 판례의 법리(원칙)

국세기본법의 위와 같은 취지에 따라 대법원 역시 중복조사를 엄격하게 보고 있으며., 중복조사에 해당하면 실제 조사 내용이 실질적 정의에 부합하더라도 절차적으로 위법하므로 무효라고 선언합니다.

이 판례는 특별히 1차 조사가 부분조사로 이루어졌으나 이후 2차 조사가 통합조사나 또는 다른 부분조사가로 이루어졌다고 하더라고 중복조사에 해당한다고 보아야 한다고 판시합니다. 법적 안정성, 세무조사권 남용금지 이외에 이 판례가 새롭게 들고 있는 사유는 “세무조사기술의 선진화”가 있습니다. 조사기술상으로 통합조사를 진행하여 한번에 다 밝혀내어 과세 하라는 뜻입니다.

그리고 이를 형식적으로 엄격하게 해석하여야 한다고 덧붙이고 있습니다. 1차 부분조사 후 2차 조사 역시 부분조사 또는 통합조사라 하더라도 1차 조사를 전혀 건들지 않았다면 실질적으로는 중복조사라 아니라고도 볼 수 있습니다. 그러나 대법원은 이렇게라도 중복조사 예외를 인정할 수 없다는 뜻입니다. 국기법 제81조의11에서 통합조사 원칙을 규정한 것도 하나의 근거가 되었을 것입니다.

세무공무원이 당초 세무조사를 한 특정 항목을 제외한 다른 항목에 대하여만 다시 세무조사를 함으로써 세무조사의 내용이 중첩되지 아니하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다.

 

3. 이 판례의 법리(예외)

대법원은 위처럼 너무 엄격하게 판단할 경우 피치 못할 특별한 사정까지 모두 세무조사 위법이 되므로 조세정의를 위해 그 특별한 사정이 인정되는 다음과 같은 경우 예외적으로 중복조사가 가능하다고 덧붙입니다(예외 조건).

예외 조건
(1) 다른 세목이나 다른 과세기간에 대한 세무조사 도중에 해당 세목이나 과세기간에도 동일한 잘못이나 세금탈루 혐의가 있다고 인정되고,
(2) 관련 항목에 대하여 세무조사 범위가 확대됨에 따라 부분적으로만 이루어진 경우

즉, “당초 세무조사 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 당초 세무조사를 한 항목을 제외한 나머지 항목에 대하여 향후 다시 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하지 아니한다.”고 판시합니다.

4. 결론 및 의의

대법원은 위 사실관계를 비추어 1차 세무조사와 2차 세무조사가 10년에 대한 세무조사를 중복하여 실시하였다고 보고, 국기법 제81조의4 제2항 위반으로 위법하다고 보았습니다. 1차 세무조사 결과까지 위법이 되지는 않으므로 1차 세무조사 결과 과세처분은 그대로 유지되나 2차 세무조사로 인한 과세처분은 무효가 됩니다.

중복조사 금지원칙은 세무조사 절차 규정 중 매우 중요한 규정입니다. 세무조사가 영업활동을 크게 제한하여 수인한도가 매우 낮은 행정행위이므로 중복조사 금지는 납세자 권리보호의 기본 중 기본이라 할 수 있습니다.

이 판례는 단순히 두 기간 조사가 중복되는 여부는 물론 실질적으로는 중복조사가 아니라도 형식적으로 과세기긴이 중복되면 81조4 제2항 위반이라 판단하고 있습니다.

특히 대법원은 “재조사를 금지하는 입법 취지에는 세무조사기술의 선진화조 포함되어 있는 점”을 들고 있는데 대법원 판례에서 쓰기에는 정말 모호한 표현이라는 점이 재미있습니다. 그만큼 세무조사기술이 그동안 시대 흐름에 뒤처진다고 보았던 것일까요.